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实验步骤

此处以 G3329  彩色示踪一管化一步法基因组DNA去除与逆转录试剂盒(适合qPCR) 为例

(1) 反应体系配制(推荐20 μL反应体系);

Component                

Volume                

5×SweScript All-in-One Blue RT SuperMix for qPCR

4 μL

gDNA Remover

1 μL

Total RNA/mRNA

0.1 ng-5 μg/10 pg-0.5 μg

Nuclease-free Water

Add to 20 μL

(2) 轻轻混匀并离心;

(3) 逆转录程序设置:

Temperature                

Time                

25℃

5 min

42℃

15-30 min

85℃

5 s


常见问题

1、以cDNA为模板,进行PCR反应的条带信号越来越弱怎么办?

解决方案:

a、可能是cDNA反复冻融造成降解,使用时可分装冻存,常用的保存在4℃,剩下的保存在-20℃;

b、也可能是酶、缓冲液、引物、PCR水等出现问题,可一步步进行排查,然后更换试剂。

 

2、是否推荐通过分光光度计分析cDNA浓度和纯度?

解决方案:

不推荐,因为逆转录后的cDNA是一个混合体系,主要由:cDNA、未完全逆转录的RNA、dNTP、残余的引物以及各种蛋白和盐离子等,会影响cDNA的吸光度。

 

3、怎么检测RNA逆转录是否成功?
解决方案:

a、内参法:通过PCR扩增内参引物,如果能扩增出来可以一定程度上保证cDNA的质量。但是不能完全保证cDNA是没有问题的,因为内参是高丰度基因,如果cDNA出现部分降解,扩增可能不受影响。

b、已知基因扩增法:如果有这个模板的已知基因被扩增出来,可以直接用该引物进行扩增验证,可一定程度上保证cDNA的质量。

 

4、逆转录cDNA中残留的gDNA会给后续qPCR实验带来什么影响?

解决方案:

进行qPCR扩增的时候,cDNA和gDNA会被同时扩增,此时无法确认荧光信号是来自cDNA还是gDNA,定量结果会产生偏差。特别是对于低表达量的基因,Ct值较大,更容易受到gDNA的影响。针对这种情况,可以考虑设计跨内含子的引物,或者使用DNase I处理gDNA等。推荐彩色示踪一管化一步法基因组DNA去除与逆转录试剂盒(适合qPCR)(G3329-50)

分子克隆效果图-09.jpg

5、逆转录cDNA后,RT-(q)PCR扩增量低或未扩增?

解决方案:

a、RNA完整性低:对RNA完整度进行评估、避免反复冻融、使用RNase抑制剂等;

b、RNA纯度低:用分光光度计评估RNA纯度、重新纯化RNA等;

c、低RNA量:确保有充足的RNA样本量、灵活调整实验条件适应最低的RNA量等。


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