1.我该定制单抗还是多抗？
首先应该考虑的就是定制的抗体是应用于什么实验，需要的量是多少？
对于科研用户来说
1. 抗体常常应用于WesternBlotting、IP等实验中，对于抗体的特异性有一定的要求，但并不是特别的强调
2. 往往在研究很多新的蛋白时，并不确定新蛋白是否很重要，是否会是将来很长一段时间的研究重点，所以抗体用量也不大所以针对科研用户，在定制新的蛋白的抗体时，我们强烈建议首先制备多抗用于实验，当得到了理想的实验结果并需要长期的使用该抗体时再考虑制备单抗。当然，如果您对该抗体的特异性要求特别高（多抗的特异性已无法满足实验要求，比如应用于流式细胞术等）时，还是应该定制单抗
对于工业用户来说
1. 抗体往往应用于检测定量实验或者功能性实验，对于抗体的特异性要求非常之高
2. 目标蛋白基本上都是已知的确定有相当商业开发价值的，而且产品一旦形成，用量会非常大所以针对工业用户，基本上可以直接定制单抗
2.我该选多肽还是蛋白作为抗原呢？
需要根据抗体应用于什么实验，以及您所能获得的材料来决定
1. 实验过程中蛋白处于天然状态，这时使用的抗体识别的一般是蛋白的构象表位和线性表位；这样的实验主要有CO-IP、FACS、Neutralizing/Blocking以及Elisa法检测天然蛋白等
2. 实验过程中蛋白处于变性或半变性状态，这时大部分的构象表位已被破坏，抗体识别的一般都是线性表位；这样的实验主要有：Western、IHC/ICC/IF等以多肽作为抗原制备的抗体，识别的是线性表位，在使用时蛋白处于变性或半变性状态下，结果可以令人满意；但不能够保证识别天然蛋白以蛋白作为抗原制备的抗体，识别蛋白的线性和构象表位，基本上所有的实验都可以应用，所以，用蛋白作为抗原应是首选，但是在多肽抗原已可满足实验要求而且得到蛋白有一定难度的情况下，以多肽作为抗原制备抗体更加合适。
3、什么情况应该考虑用设计多肽做抗原？
答：如果氨基酸序列已知，但是由于基因克隆或表达等原因得不到抗原蛋白，或者仅需要得到针对抗原蛋白某几个特定表位的抗体，就可以采用多肽合成的方式得到抗原。例如仅需要生产针对蛋白质某个区域的特异抗体，比如研究蛋白质N端的前体物，可以设计N末端的多肽抗原。如果抗体的使用目的是识别修饰的氨基酸，如磷酸化的丝氨酸、苏氨酸或者酪氨酸，乙酰化赖氨酸等，就必须对多肽进行相应的修饰。一般情况下抗血清能够识别用来免疫的多肽序列，但是不一定识别天然蛋白质的折叠结构。非连续性抗原的抗体能否识别抗原决定簇取决于用于抗体生产的多肽是否存在二级结构。
4 、设计多肽做抗原时的几点基本原则？
答：识别区域的选择原则一般说来最理想的抗原性识别区域应具备亲水、位于蛋白表面和结构上易变形性等特点。既要考虑其免疫原性、特异性，还需考虑其合成难度等。通常有以下几点建议：1、序列长度在8-20个氨基酸残基之间（如果太短，就有多肽太特殊、所产生的抗体与天然蛋白之间的亲和力（结合能力）不够强的风险，同样，如果序列长度超过20，将有可能引入二级结构，所产生的抗体失去特异性的可能，而且肽链越长，通常合成难度增大，不易获得高纯度的产品）；2、尽可能是在蛋白表面；3、保证该段序列不形成α-helix；4、N，C端的肽段比中间的肽段更好；避免蛋白内部重复或接近重复段的序列；5、避免同源性太强的肽段；6、交联可以交联在N，C两端，选择依据就是交联在对产生抗体不太重要的一端；7、序列中不能有太多的Pro，但有一两个Pro有好处，可以使肽链结构相对稳定一些，对产生特异性抗体有益。
5 、原核表达含GST标签的蛋白制备抗体时，需要切掉GST标签吗？
答：如果目的蛋白很大且之后的实验不受GST影响的话，GST标签是不用切掉的。但是如果目的蛋白小于20KD的话，建议通过实验切除GST标签。
6 、 抗体的保存：
答：小包分批，避免多次反复冻融。短期：4度冰箱保存。长期：-20度，一般需要加入甘油，BSA等。
7 、 关于抗原的常识
答：对抗原的要求是纯度越高越好，尤其是初次免疫所用的抗原。如为细胞抗原，可取1×107个细胞作腹腔免疫。可溶性抗原需加完全福氏佐剂并经充分乳化，如为聚丙烯酰胺电泳纯化的抗原，可将抗原所在的电泳条带切下，研磨后直接用以动物免疫。还有一些半抗原，如多肽，在免疫之前是需要耦联一些蛋白，如KLH，BSA等。 病毒类的抗原，可以直接用于免疫。如果是蛋白，一般来说，蛋白的纯度要在90％以上，浓度在1mg/ml以上，分子量>10kd。一般最好融解在无毒的缓冲液中 ，建议溶解在PBS中。
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